Альфа-синуклеин считается одним из факторов, провоцирующих болезнь Паркинсона: при заболевании его структура нарушается, становится аморфной и неупорядоченной, что приводит к образованию белковых агрегатов, а также отмиранию нейронов центральной нервной системы.