Хронический гепатит В с дельта-агентом протекает в большинстве случаев тяжелее, чем неосложнённый вирусом дельта. Имеются данные, указывающие на то, что факторы вируса (генотип), возможно, во многом определяют течение болезни. В целом, в отличие от хронического гепатита В и вируусного гепатита С, при которых как минимум 70-50% больных проживают свою жизнь без формирования цирроза печени, у 100% больных хроническим вирусным гепатитом D в течение 15-30 лет от момента инфицирования цирроз печени неизбежно развивается при отсутствии лечения.