Возбудитель клещевого вирусного энцефалита относится к роду флавивирусов. Вирион имеет сферическую форму, диаметр 40-50 нм, содержит РНК, хорошо размножается во многих тканевых культурах. Из лабораторных животных наиболее чувствительны к вирусу белые мыши, хомяки, обезьяны, хлопковые крысы. Восприимчивы к вирусу клещевого энцефалита и многие домашние животные.