H. influenzae - грамотрицательные плеоморфные палочковидные или кокковидные клетки размером (0,2-0,3)х(0.5-2) мкм. Они расположены в мазках поодиночке или парами, а иногда в виде коротких цепочек и групп. На плотных средах образуют мелкие (диаметром до 1 мм) круглые бесцветные колонии. Микроорганизмы неподвижны, спор не образуют, но возможно образование капсулярных форм, с которыми связывают патогенные свойства. Возбудитель продуцирует эндотоксин, носителем которого считают капсульные полисахариды.