Решающее значение для подтверждения диагноза пневмоцистоза имеет обнаружение возбудителя. Основной материал для исследования - мокрота, бронхиальный секрет, промывные воды, полученные при промывании бронхов или бронхоальвеолярном лаваже, кусочки лёгочной ткани, взятые при трансбронхиальной, чрескожной или открытой биопсии. Чаще всего в связи с тяжёлым состоянием больного эти манипуляции не проводятся во избежание осложнений.