Наиболее частыми причины пиелонефрита - представители семейства Entembacteriaceae (грамотрицательные палочки), из которых на долю Escherichia coli приходится около 80% (при остром неосложнённом течении), реже в роли возбудителя выступают Proteus spp., Klebsiella spp., Enterobacter spp., Citrobacter spp.