Геном HCV представлен одноцепочечной положительно заряженной РНК, которая кодирует 3 структурных (нуклеокапсидный белок core и нуклеопротеины оболочки Е1-Е2) и 5 структурных (NS1, NS2, NS3, NS4, NS5) белков. К каждому из этих белков синтезируются АТ, обнаруживаемые в крови больных вирусным гепатитом С.