Наступает в результате недостаточной стимуляции функции яичников гонадотропными гормонами (ГГ) гипофиза. Сниженная или неадекватная секреция ГГ гипофизом может наблюдаться при поражении его гонадотрофов или при снижении стимуляции гонадотрофов люлиберином гипоталамуса, т. е. вторичная гипофункция яичников может быть гипофизарного генеза, гипоталамического и, чаще, смешанного - гипоталамо-гипофизарного.