Крымскую геморррагическую лихорадку дифференцируют от других геморрагических лихорадок, гриппа, лептоспироза, менингококкемии. брюшного тифа, хирургических заболеваний с синдромом «острого живота»; а также от тромбоцитопенической пурпуры (болезнь Верльгофа) с характерными подострым началом, отсутствием температурной реакции, геморрагической сыпью от мелких петехий до крупных экхимозов на сгибательных поверхностях конечностей, туловище, частыми носовыми и другими кровотечениями, гипохромной анемией, лейкоцитозом, тромбоцитопенией и отсутствием изменений со стороны сердечно-сосудистой системы.