Более 10 лет назад был открыт ген, мутации е котором приводят к развитию HIGM1 формы заболевания. В 1993 году были опубликованы результаты работы пяти независимых исследовательских групп, показавшие, что мутации в гене лиганда CD40 (CD40L) являются молекулярным дефектом, лежащем в основе X-t цепленной формы гипер-IgM синдрома. Ген, кодирующий белок gp39 (CD154) - CD40L, локализован на длинном плече X хромосомы (Xq26-27). Лиганд CD40 жспрессируется на поверхности активированных Т-лимфоцитов.